Ook al stelt Europa reeds in 1990 een specifiek reglementair kader op voor GGO's, toch moeten we nog meerdere jaren wachten tot de Europese Richtlijnen 90/219/EEG en 90/220/EEG in het Belgische recht worden omgezet. In het begin van de jaren 1990 maakt België een grondige institutionele evolutie mee. Die periode wordt gekenmerkt door de overdracht van diverse bevoegdheden van de staat naar de gewesten, met name op het vlak van milieubescherming. Met de omzetting van de twee bovenvermelde richtlijnen in het Belgisch recht, staan we op een kruispunt waar verschillende bevoegdheden nu eens als federaal en dan weer als regionaal kunnen worden beschouwd.
De richtlijnen handelen ook over materies die belangrijk zijn voor de sector van het wetenschappelijk onderzoek of die mogelijk economische gevolgen kunnen hebben voor de ontwikkeling en de commercialisatie van landbouw-, voedings- of farmaceutische producten op basis van GGO's. Het is dan ook belangrijk te vermijden dat verschillen tussen de federale en de regionale regels, in het bijzonder met betrekking tot de doelbewuste introductie van GGO's, ongelijke concurrentievoorwaarden zouden creëren of omstandigheden die de ontwikkeling en de commercialisatie van producten die dergelijke organismen bevatten, in de weg zouden staan.
Vanaf 1987 heeft België (in dit geval de Interministeriële Conferentie voor Wetenschapsbeleid), naar aanleiding van de publicatie van het "Blauwboek" van de OESO, diens advies opgevolgd door de ad-hocgroep "Reglementering biotechnologie" in het leven te roepen. Die groep stelt in 1989 voor om een "Interdepartementaal Adviescomité recombinant-DNA" (of het "rDNA-Comité") op te richten, belast met de beoordeling van de bioveiligheid, in het bijzonder van de kennisgevingen ingediend in het kader van de latere Richtlijn 90/220/EEG.
Het begin van de jaren 1990 wordt gekenmerkt door diverse niet-gecoördineerde initiatieven met betrekking tot de omzetting van de "GGO-Richtlijnen". Enerzijds beslist het Vlaamse Gewest om, met betrekking tot de materies waarvoor zij bevoegd is, de twee richtlijnen in extenso om te zetten in haar milieuwetgeving (het VLAREM - "Vlaams Reglement betreffende de Milieuvergunning"). Anderzijds geeft het Overlegcomité "Nationale regering – Gewestelijke executieven" in oktober 1991 aan de gewesten en aan de federale staat een mandaat om de omzetting van de Richtlijn 90/220/EEG en de oprichting van een "rDNA-Comité" te bespreken. Op dat ogenblik wordt al voorgesteld om dit comité te laten bijstaan door een "rDNA-Secretariaat", dat verzekerd wordt door een dienst van Sciensano (dat op dat ogenblik en tot in 1996 het "Instituut voor Hygiëne en Epidemiologie - IHE" heet). Parallel daaraan worden ook gesprekken gevoerd tussen de drie gewesten om te komen tot een geharmoniseerde omzetting van de Richtlijn 90/219/EEG en tot de oprichting van een "rDNA-Cel" binnen Sciensano die de gewesten de nodige wetenschappelijke steun kan bieden.
Sciensano, en in het bijzonder dr. William Moens, is rechtstreeks bij al die gesprekken betrokken. In juni 1992 organiseert het instituut een symposium waarop zowel de nationale als de regionale overheden aanwezig zijn, evenals de industriële sector, de academische wereld en nog andere betrokken partijen. Dat symposium is de perfecte gelegenheid om een stand van zaken op te maken over de ontwikkelingen met betrekking tot de omzetting van de Richtlijnen 90/219/EEG en 90/220/EEG in het Belgisch recht, alsook om het belang te onderstrepen van een degelijke samenwerking tussen de betrokken autoriteiten.
Geleidelijk aan wordt duidelijk dat het voor de autoriteiten wenselijk is om voor eens en altijd op institutioneel niveau een regeling te treffen voor de tussenkomst van de federale staat en de gewesten in de materies die binnen de bevoegdheid van de bovenvermelde richtlijnen vallen. Daartoe beschikken ze over een nieuw juridisch hulpmiddel dat werd ingevoerd met de Bijzondere Wet tot hervorming der instellingen van 8 augustus 1980 (Belgisch Staatsblad, 15.08.1980, blz. 9434). Artikel 92 bis van deze wet biedt de staat, de gemeenschappen en de gewesten immers de mogelijkheid om samenwerkingsakkoorden af te sluiten die onder andere betrekking hebben op de creatie en het gezamenlijk beheer van gemeenschappelijke diensten en instellingen, de gezamenlijke uitoefening van eigen bevoegdheden of de uitwerking van gemeenschappelijke initiatieven.
In 1993 komen de onderhandelaars overeen dat het noodzakelijk is om één enkel samenwerkingsakkoord op te stellen voor alle materies die binnen het kader van de bioveiligheid vallen, m.a.w. de veiligheid voor de gezondheid van de mens en voor het leefmilieu bij een doelbewuste introductie van GGO's in het milieu, maar ook bij het ingeperkt gebruik van genetisch gemodificeerde organismen en voor de mens pathogene organismen. Door dit samenwerkingsakkoord aan te nemen, wordt beslist tot een geharmoniseerde omzetting en uitvoering op de verschillende bevoegdheidsniveaus van de twee Richtlijnen 90/219/EEG en 90/220/EEG, daarbij ook rekening houdend met de bepalingen van Richtlijn 90/679/EEG. Verder wordt beslist een gemeenschappelijk systeem in te voeren voor een wetenschappelijke beoordeling van de bioveiligheid op zowel federaal als regionaal vlak. Op die manier wil men garanderen dat de dossiers inzake bioveiligheid tegenover de kennisgevers, het grote publiek, de Europese Commissie en de andere lidstaten op een objectieve en eenvormige manier worden behandeld.
Na een nieuwe periode van besprekingen wordt op 16 mei 1995 een ontwerp van samenwerkingsakkoord inzake bioveiligheid goedgekeurd door de verschillende betrokken autoriteiten. De tekst van het akkoord wordt na enige adviezen van de Raad van State gewijzigd, met name om de respectieve missies toe te lichten van de instanties die het gemeenschappelijke systeem voor de wetenschappelijke beoordeling van de bioveiligheid uitmaken.
Op 25 april 1997 wordt de definitieve tekst van het samenwerkingsakkoord tussen de federale staat en de gewesten inzake de administratieve en wetenschappelijke coördinatie op het vlak van de bioveiligheid goedgekeurd door alle partijen.
Het samenwerkingsakkoord inzake bioveiligheid is de juridische basistekst die de implementatie en het beheer van de bioveiligheid in België regelt. En ook al werd dit akkoord pas officieel goedgekeurd in 1997, toch lagen de algemene doelstellingen en principes al van bij de start van de onderhandelingen vast. Op die basis voerden de regionale en de federale overheden parallel aan de onderhandelingen over het samenwerkingsakkoord gesprekken die uiteindelijk leidden tot de implementatie in het Belgische recht van de Richtlijnen 90/219/EEG en 90/220/EEG.