De officiële taken van de SBB zijn gedefinieerd in het samenwerkingsakkoord van 25 april 1997 inzake bioveiligheid.
Sinds de periode 1993-1996 hebben de drie Gewesten overeenkomsten met Sciensano, waarbij de expertise en de adviesverlening aan de autoriteiten inzake beide GGO Richtlijnen (nu Richtlijnen 2009/41/EG en 2001/18/EG), en vooral de voorwaarden voor kennisgeving zoals opgenomen in de bijlagen van deze Richtlijnen, aan de SBB wordt toevertrouwd.
Volgens deze akkoorden geeft de SBB advies aan de Gewesten inzake het ingeperkt gebruik van pathogenen en GGO's (in laboratoria, serres, proefdierverblijven, grootschalige productie-eenheden of ziekenhuiskamers).
De SBB staat ook in voor het secretariaat van de Belgische Adviesraad voor de Bioveiligheid. Het geeft permanente administratieve en wetenschappelijke steun aan de Raad in het kader van diens wetenschappelijke activiteiten mbt de risicobeoordeling van toepassingen van doelbewuste introductie van GGO's voor veldproeven, klinische proven met GGO's, en de commercialisering van GGO's als levensmiddelen en diervoeders of als geneesmiddelen.
Volgens strenge kwaliteitsnormen verzekert de SBB de archivering, traceerbaarheid en vertrouwelijkheid van de gegevens in de bioveiligheidsdossiers.
Een andere belangrijke taak van de SBB is het verzekeren van de goede naleving van de voorwaarden opgelegd door de Europese GGO-wetten betreffende de uitwisseling van informatie en de notificaties.
Over het algemeen kan dus gesteld worden dat de SBB een rol van permanent expertisecentrum bekleedt, en op een snelle en betrouwbare manier advies verleent inzake bioveiligheid en verwante onderwerpen, ter ondersteuning van de bevoegde overheden.